4 groupes de communautés bactériennes se dégagent (compositions similaires selon les sites) :

• muqueuse buccale, gencive kératinisée, palais dur, (certaines parties du dos de la langue seraient kératinisées)
• salive, langue, amygdale, gorge, (joue, lèvres, langue ventrale sont non kératinisées)
• plaque sous et supra gingivale : toutefois il faut prélever des anaérobies stricts subgingivaux
• selles

Manuel des procédures de collecte disponible sur WebArchive ici.